DATA NOTE
方法与引用
藻录 2026.10.17 的收录范围、去重、质量核对和来源引用。检索日 2026-10-17。
建议引用
藻录 2026.10.17. 海藻天然产物结构与来源汇编（精选综述与公开记录）. 检索日 2026-10-17. 公开记录引自 Jones et al., Water Research 2021;196:117017; Janssen et al., Zenodo 2024, doi:10.5281/zenodo.13854577; Rutz et al., eLife 2022;11:e70780; LOTUS biological tree, Zenodo, doi:10.5281/zenodo.19552627; Chandrasekhar et al., Nucleic Acids Research 2024, doi:10.1093/nar/gkae1063; van Santen et al., Nucleic Acids Research 2022, doi:10.1093/nar/gkab941; Lin et al., Nucleic Acids Research 2026, doi:10.1093/nar/gkaf1196; CyanosNP, Zenodo, doi:10.5281/zenodo.12627504; 以及 PubChem.
1. 版本与范围
版本号取检索日 2026-10-17。对象是光合藻类及其习惯上放在藻类库里的蓝藻所报道的化学结构。精选综述是编辑过的中文短文，只覆盖一小套常见分子。公开记录不改写来源库没有的活性、海域或中文名。
如果写成数据说明，主张是一条有类群边界的海藻切片：COCONUT、LOTUS 和 NPASS 3.0 覆盖多个生物界，CyanoMetDB 收蓝藻代谢物，MarinLit 不公开。本版把可再分发的记录按完整 InChIKey 合并，并用 10 ppm 核对分子式与单同位素质量。文献数值留在出处上，不改写成功效。
“其他微藻”是操作类群，不是一个门。它包括定鞭藻、真眼点藻、针胞藻和一些广布色素。类群标签用于检索，不代表分类修订。
2. 来源与引用
| 来源 | 本版用的内容 | 请同时引用 |
|---|---|---|
| CyanoMetDB v03 | 蓝藻次级代谢物的名称、分子式、单同位素质量、SMILES、InChIKey、PubChem CID、属种、类别、年份，以及最多 3 条 DOI 和 PMID。 | Jones et al. 2021, Water Research 196:117017, doi:10.1016/j.watres.2021.117017；数据集 Janssen et al. 2024, doi:10.5281/zenodo.13854577。 |
| LOTUS | 两路公开数据：按属名调用 simple search；以及 Zenodo 19552627 的生物谱系树里、分类落在藻类或蓝藻支上的结构。描述符沿用来源库的计算值。没有 InChIKey 的谱系树行不并入。 | Rutz et al. 2022, eLife 11:e70780, doi:10.7554/eLife.70780。谱系树 doi:10.5281/zenodo.19552627。结构类用 NPClassifier（Kim et al. 2021, doi:10.1021/acs.jnatprod.1c00399）。 |
| PubChem | 用 InChIKey 补 CID。已有 CID 的记录不再改写质量和名称。精选综述的分子式与质量取自这里。 | Kim et al. 2023, Nucleic Acids Research 51(D1):D1373–D1380, doi:10.1093/nar/gkac956。 |
| COCONUT | 2026-10 公开 CSV 里带学名的行。用 NCBI 分类只留褐藻、红藻、绿藻、硅藻、甲藻、蓝藻和定鞭藻等。陆地植物、真菌、动物和非蓝藻细菌剔除。去重后藻类 InChIKey 共 19002 个，本版按类群轮转保留 12000 条，再与已有结构合并。 | Chandrasekhar et al. 2024, Nucleic Acids Research, doi:10.1093/nar/gkae1063。下载页 CSV 为 CC0。Zenodo 10.5281/zenodo.13692394 的扁平文件没有学名，没有使用。约 32 GB 的 SQL 转储没有下载。 |
| 开放补充表 | CyanosNP 2010–2023 的公开 CSV（有属名的行），以及 ChemBioSys 等可直接下载、且写明藻类学名的表格。与已有 InChIKey、名称加分子式或完全相同 SMILES 重复的行丢掉。补充表里的全长 InChI 不当作 InChIKey。 | CyanosNP, doi:10.5281/zenodo.12627504，CC BY 4.0。Caulerpa racemosa 的 9 条结构来自 Marine Drugs 2024, doi:10.3390/md22060272 的开放表 S3。需要登录或付费的出版商补充材料不下载。 |
| NP Atlas 蓝藻切片 | 公开 TSV 里、分类 API 标为蓝藻门的化合物。不是全库，也不含链霉菌或真菌。与已有 InChIKey 相同的只补来源，不另立卡片。 | van Santen et al. 2022, Nucleic Acids Research 50(D1):D1317–D1323, doi:10.1093/nar/gkab941。下载许可 CC BY-NC 4.0：可署名、非商业使用，本站不授予商业再用许可。 |
| NPASS 3.0 | 公开下载的物种表、结构、物种配对和活性表。只保留藻类或蓝藻的拉丁双名，并要有分子式、SMILES 和 InChIKey。工程菌株剔除。王国名 Bacillati 同时含有链霉菌和一部分蓝藻，没有整国当成硅藻。与已有 InChIKey 相同的只补来源、学名和至多 2 条实验数值。新结构优先保留带实验数值的，本版新增 4500 条。采集地只留原文短句。NPASS 没有首选名时，用 PubChem 的 IUPAC 名代替编号；对不上的仍用编号。没有来源质量的条目，卡片和反复制显示由分子式算出的式量，并标明不是实验值。 | Lin et al. 2026, Nucleic Acids Research 54(D1):D1519–D1527, doi:10.1093/nar/gkaf1196。论文许可 CC BY-NC 4.0。下载页本身没有另附许可声明。数值是文献线索，不是功效或用量。 |
3. 纳入与排除
- CyanoMetDB v03 的 CSV 全量纳入：有化合物名和分子式的行。
- LOTUS 除了下面 400 个属的 simple search，还纳入生物谱系树中分类明确落在藻类或蓝藻支、且带 InChIKey 的结构。simple search 没有公开总数；谱系树只保留过滤后的那一层。
- 学名必须含该属，且属名以大写字母开头。n.a.、cf. 和“field sample”这类不能核对的名称丢掉。
- 若 LOTUS 给出 classx，且属于昆虫、脊椎动物、海绵、珊瑚、子囊菌或链霉菌等非藻类，该学名剔除。classx 为空时仍保留，并在方法上记为“分类未复核”。
- 没有 InChIKey、分子式或名称的 LOTUS 行不收。
- COCONUT 2026-10 公开 CSV 中，能对上藻类或蓝藻学名的结构纳入；没有学名的行、以及 32 GB SQL 转储，都不收。扁平 Zenodo 文件没有学名，也不收。
- CMNPD 的公开批量文件没有生物来源表，无法判断是不是藻，所以整库不并入。MarinLit、Dictionary of Natural Products 和 AntiMarin 是付费库，不收录、不镜像。
- NPASS 3.0 只收能对上藻类或蓝藻拉丁双名、且带分子式和 InChIKey 的行。真菌、后生动物、工程菌株和非蓝藻细菌不收。每个结构至多保留 2 条带数值的实验记录，不改写成抗菌或细胞毒标签。
- 栖息地没有过滤。淡水蓝藻和微藻只要来源库如此记载，就留在库里。
4. 标识、去重与类群
- 去重键是完整 InChIKey，立体异构体分开保留。没有 InChIKey 时，才退回“小写名称 + 规范化分子式”。
- 与精选综述的 InChIKey 相同，或名称加分子式相同的公开记录不另立卡片，以免同一结构出现两套解说。
- 每个结构最多保留 12 个拉丁学名、4 个异名、3 个 DOI、3 个 PMID，以及 2 条 NPASS 实验数值。LOTUS 的 DOI 由其参考文献键把 `$x$x$` 还原成点后得到，不补作者和标题。
- 类群先按 LOTUS 的 classx；没有 classx 时用检索属所属的类群。同一结构若来自多个类群，主类群取得票多的一方，平票时按褐藻、红藻、绿藻、硅藻、甲藻、蓝藻、其他微藻的固定顺序。其余类群写在条目上，检索仍走主类群，所以不会在两个类群里各算一次。
5. 结构类对照
公开记录的结构类由来源库原文做关键词归并，不是重新做化学分类。来源类为空或写着「其他」时，同一套关键词再扫化合物名和 IUPAC 名，但不覆盖来源库已经给出的类。命中顺序固定如下。都未命中则记为“其他”。
| 藻录结构类 | 来源文字中的关键词 |
|---|---|
| 类胡萝卜素 | caroten, apocaroten, pigment |
| 甾醇 | sterol, steroid |
| 脂肪酸 | fatty |
| 肽类 | peptide, peptolin, microginin, aeruginosin, cyclamide, cryptophycin, hassallidin, spumigin, microviridin, depsipeptide, lipopeptide, microcystin, nodularin |
| 生物碱与氨基酸 | alkaloid, saxitoxin, anatoxin, indole |
| 聚酮 | polyket |
| 褐藻多酚 | phlorotannin, phloroglucinol |
| 杂萜 | meroterpen |
| 萜类 | terpen, hopanoid, diterpene, sesquiterp |
| 糖与糖醇 | saccharide, sugar, carbohydrate |
| 卤代代谢物 | halogen, bromo, chloro compound |
6. 毒素筛查
毒素标记只看化合物名、IUPAC 名和来源类别是否含有这些词：microcystin、nodularin、saxitoxin、gonyautoxin、anatoxin、cylindrospermopsin、lyngbyatoxin、aplysiatoxin、domoic、okadaic、brevetoxin、ciguatoxin、yessotoxin、pectenotoxin、gymnodimine、pinnatoxin、maitotoxin、palytoxin、spirolide、karlotoxin、prymnesin、goniodomin、azaspiracid。命中后卡片写中文类型名。这不是毒理实验，也不是风险评估。未命中不表示安全。
7. 质量核对
用分子式和最丰同位素质量重算单同位素质量，再与来源库记录的精确质量比较。阈值是 10 ppm。不超过阈值记为一致；超过则记为偏差，并保留来源原值，供反复制继续使用。分子式带电荷、盐、同位素标记或未识别元素时记为未能复核。反复制同时对来源质量和计算质量取更近的一个，避免只因记录误差漏掉候选。计算描述符（XLogP、tPSA、氢键供体和受体）沿用来源库，不是本站测定。
H 1.00782503224 · C 12 · N 14.00307400443 · O 15.99491461957 · S 31.9720711744 · P 30.97376199842 · Cl 34.968852682 · Br 78.9183376 · I 126.9044719
8. 本版统计
数字随库内记录实时计算，不是手填的。
- 条目
- 23765
- 精选综述
- 91
- 公开记录
- 23674
- 属
- 521
- 有 CID
- 14643
- 有 SMILES
- 23758
- 有 DOI
- 17976
- 有 PMID
- 2263
- 质量一致
- 18871
- 质量偏差
- 148
- 计算式量
- 4746
- 有学名
- 23444
- 有 InChIKey
- 23518
- 文献数值
- 3327
- 毒素标记
- 568
- 跨类群
- 2763
| 类群 | 条目 |
|---|---|
| 褐藻 | 5647 |
| 红藻 | 7440 |
| 绿藻 | 2175 |
| 硅藻 | 349 |
| 甲藻 | 1236 |
| 蓝藻 | 6644 |
| 其他微藻 | 274 |
| 结构类 | 条目 |
|---|---|
| 类胡萝卜素 | 397 |
| 褐藻多酚 | 13 |
| 甾醇 | 1127 |
| 萜类 | 4857 |
| 卤代代谢物 | 730 |
| MAA 紫外屏蔽物 | 5 |
| 糖与糖醇 | 218 |
| 多糖 | 8 |
| 脂肪酸 | 1752 |
| 叶绿素与胆素 | 5 |
| 生物碱与氨基酸 | 1093 |
| 肽类 | 4533 |
| 聚醚 | 6 |
| 杂萜 | 416 |
| 挥发异味物 | 2 |
| 聚酮 | 2848 |
| 其他 | 5755 |
| 来源组合 | 条目 |
|---|---|
| COCONUT + NPASS | 6178 |
| LOTUS | 4756 |
| NPASS | 4498 |
| LOTUS + COCONUT + NPASS | 1397 |
| LOTUS + COCONUT | 1205 |
| LOTUS + NPASS | 962 |
| COCONUT | 959 |
| CyanoMetDB + LOTUS + COCONUT + NP Atlas | 685 |
COCONUT 11638 · LOTUS 10263 · CyanoMetDB 3000 · NP Atlas 2538（蓝藻切片，CC BY-NC 4.0）· NPASS 13740
9. 检索属
共 400 个。这只是 LOTUS simple search 的检索边界。谱系树、COCONUT、NPASS 和补充表还会带入名单以外的藻类学名。
褐藻87
Sargassum · Saccharina · Laminaria · Undaria · Fucus · Ecklonia · Eisenia · Ascophyllum · Dictyota · Padina · Turbinaria · Cystoseira · Alaria · Macrocystis · Ishige · Colpomenia · Bifurcaria · Dictyopteris · Stypopodium · Spatoglossum · Zonaria · Lobophora · Canistrocarpus · Rugulopteryx · Taonia · Dilophus · Stoechospermum · Homoeostrichus · Distromium · Scoresbyella · Himanthalia · Pelvetia · Silvetia · Halidrys · Treptacantha · Gongolaria · Ericaria · Hormophysa · Myagropsis · Hizikia · Lessonia · Durvillaea · Nereocystis · Pelagophycus · Egregia · Agarum · Costaria · Kjellmaniella · Scytosiphon · Petalonia · Hydroclathrus · Chnoospora · Rosenvingea · Iyengaria · Chordaria · Analipus · Myelophycus · Dictyosiphon · Desmarestia · Himantothallus · Sporochnus · Carpomitra · Nereia · Cutleria · Zanardinia · Cladosiphon · Nemacystus · Sphaerotrichia · Tinocladia · Papenfussiella · Hormosira · Notheia · Xiphophora · Cystophora · Carpophyllum · Landsburgia · Marginariella · Halopteris · Stypocaulon · Sphacelaria · Chorda · Halosiphon · Leathesia · Elachista · Adenocystis · Pylaiella · Ectocarpus
红藻117
Laurencia · Palisada · Chondrophycus · Osmundea · Corynecladia · Yuzurua · Chondria · Acanthophora · Digenea · Alsidium · Osmundaria · Vidalia · Halopithys · Rhodomela · Symphyocladia · Odonthalia · Neorhodomela · Polysiphonia · Neosiphonia · Vertebrata · Melanothamnus · Herposiphonia · Asparagopsis · Bonnemaisonia · Delisea · Ptilonia · Plocamium · Portieria · Ochtodes · Sphaerococcus · Callophycus · Gracilaria · Gracilariopsis · Hydropuntia · Crassiphycus · Agarophyton · Gelidium · Pterocladiella · Pterocladia · Gelidiella · Hypnea · Chondrus · Chondracanthus · Mastocarpus · Mazzaella · Iridaea · Gigartina · Sarcothalia · Ahnfeltiopsis · Gymnogongrus · Ahnfeltia · Eucheuma · Kappaphycus · Betaphycus · Porphyra · Pyropia · Neopyropia · Wildemania · Bangia · Halymenia · Grateloupia · Cryptonemia · Polyopes · Prionitis · Aeodes · Liagora · Galaxaura · Tricleocarpa · Actinotrichia · Dichotomaria · Ganonema · Jania · Corallina · Amphiroa · Ellisolandia · Bossiella · Peyssonnelia · Martensia · Claudea · Vanvoorstia · Delesseria · Phycodrys · Membranoptera · Nitophyllum · Myriogramme · Haraldiophyllum · Kallymenia · Callophyllis · Pugetia · Euthora · Schizymenia · Titanophora · Sarcodia · Botryocladia · Gloiocladia · Champia · Gastroclonium · Lomentaria · Neurymenia · Lenormandia · Phacelocarpus · Dasya · Heterosiphonia · Ceramium · Griffithsia · Wrangelia · Constantinea · Pikea · Farlowia · Palmaria · Porphyridium · Rhodella · Galdieria · Scinaia · Nothogenia · Halichrysis · Sebdenia
绿藻46
Ulva · Caulerpa · Codium · Cymopolia · Cladophora · Halimeda · Bryopsis · Udotea · Penicillus · Rhipocephalus · Avrainvillea · Chlorodesmis · Tydemania · Rhipilia · Flabellia · Derbesia · Pedobesia · Dasycladus · Neomeris · Acetabularia · Polyphysa · Bornetella · Batophora · Chaetomorpha · Rhizoclonium · Cladophoropsis · Dictyosphaeria · Valonia · Ventricaria · Boergesenia · Anadyomene · Microdictyon · Boodlea · Monostroma · Gayralia · Ulvaria · Chlorella · Dunaliella · Haematococcus · Tetraselmis · Scenedesmus · Botryococcus · Chlorococcum · Ostreococcus · Micromonas · Ulothrix
硅藻41
Phaeodactylum · Pseudo-nitzschia · Skeletonema · Thalassiosira · Chaetoceros · Nitzschia · Odontella · Cylindrotheca · Haslea · Navicula · Amphora · Halamphora · Pleurosigma · Gyrosigma · Fistulifera · Cyclotella · Minutocellus · Detonula · Porosira · Lauderia · Bacteriastrum · Eucampia · Biddulphia · Ditylum · Lithodesmium · Rhizosolenia · Proboscia · Guinardia · Dactyliosolen · Cerataulina · Coscinodiscus · Actinocyclus · Fragilaria · Asterionella · Licmophora · Tabularia · Cocconeis · Achnanthes · Corethron · Attheya · Toxarium
甲藻39
Alexandrium · Dinophysis · Prorocentrum · Karenia · Gambierdiscus · Protoceratium · Amphidinium · Karlodinium · Gymnodinium · Symbiodinium · Coolia · Azadinium · Crypthecodinium · Ostreopsis · Fukuyoa · Lingulodinium · Gonyaulax · Heterocapsa · Vulcanodinium · Scrippsiella · Akashiwo · Noctiluca · Ceratium · Tripos · Pyrodinium · Takayama · Durusdinium · Cladocopium · Breviolum · Polarella · Pentapharsodinium · Amphidoma · Peridinium · Gyrodinium · Kryptoperidinium · Thecadinium · Adenoides · Togula · Bysmatrum
蓝藻54
Microcystis · Dolichospermum · Anabaena · Nostoc · Planktothrix · Oscillatoria · Lyngbya · Moorea · Okeania · Caldora · Symploca · Schizothrix · Scytonema · Fischerella · Hapalosiphon · Tolypothrix · Nodularia · Raphidiopsis · Cylindrospermopsis · Aphanizomenon · Phormidium · Leptolyngbya · Synechococcus · Prochlorococcus · Trichodesmium · Rivularia · Calothrix · Arthrospira · Limnospira · Spirulina · Microcoleus · Coleofasciculus · Westiella · Hassallia · Stigonema · Chlorogloeopsis · Pseudanabaena · Synechocystis · Crocosphaera · Cyanothece · Prochloron · Tychonema · Dapis · Hyella · Brasilonema · Desmonostoc · Sphaerospermopsis · Cuspidothrix · Chrysosporum · Anabaenopsis · Cylindrospermum · Fortiea · Dichothrix · Hydrocoleum
其他微藻16
Nannochloropsis · Microchloropsis · Isochrysis · Tisochrysis · Emiliania · Gephyrocapsa · Pavlova · Diacronema · Prymnesium · Chrysochromulina · Phaeocystis · Chattonella · Heterosigma · Fibrocapsa · Aureococcus · Aureoumbra
10. 局限
- 学术讨论不能作为绕过出版商访问限制的理由。MarinLit、Dictionary of Natural Products、AntiMarin，以及需要登录或付费的论文全文和补充材料，一律不下载、不镜像。
- COCONUT 去重后的藻类 InChIKey 有 19002 个，本版按类群轮转先收 12000 条，再丢掉与库内重复的结构。其余约 7000 条没有放进这个前端包。
- NP Atlas 只收公开接口标成蓝藻门的切片，许可是 CC BY-NC 4.0。链霉菌、真菌和其余微生物不在内，也不能把这份切片再作商业分发。
- NPASS 全库约 20 万个天然产物。本版只留藻类和蓝藻切片：过滤后约 1.4 万个结构，与已有记录合并后，新结构收 4500 条。论文许可是 CC BY-NC 4.0。实验数值和采集地原文都没有改写成功效或海域分类。
- LOTUS 的 simple search 没有公开的总数或分页字段。本库收下接口一次返回、且通过学名过滤的记录。若接口有未声明的上限，超出部分不在本版中。
- 初级代谢物（例如葡萄糖）只要来源库把它和某个藻的学名连在一起，就会留下。这不是“藻类特有次级代谢物”的判断。
- 公开记录的采集海域不填。NPASS 若给出采集地，只显示原文短句，不归入海域词表，海域页仍只统计精选综述。
- 中文名只存在于精选综述。公开记录的标题是来源库的英文名。
- 质量偏差被标出，但没有逐条回到原文改式量。使用精确质量做反复制时，应同时看质量核对。
类群示例：蓝藻的公开记录以 CyanoMetDB 为主，LOTUS 用来交叉标注同一 InChIKey。